嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型

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嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型
2019新型冠狀病毒的渲染图
2019新型冠状病毒結構
2019新型冠状病毒結構
病毒分類 编辑
(未分级) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
门: 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲: 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠状病毒科 Coronaviridae
属: 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
种:
嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型 Novel coronavirus (2019-nCoV)
嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型在中國的位置
嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型
中國武漢是疫情的最初爆發地點
異名
  • 生物生態侵入性冠狀病毒(Biological ecological invasive coronavirus)
  • 武漢肺炎(Wuhan pneumonia)
  • 武漢冠狀病毒(Wuhan coronavirus)

2019新型冠狀病毒Chinese Novel coronavirus),世界衛生組織命名縮寫為2019-nCoV[1][2],又名2019新冠狀病毒,通用简称新冠病毒,是一種具有包膜的正鏈單股RNA冠狀病毒,為2019年底出現的新型冠状病毒感染的2019-nCoV急性呼吸道疾病疫情的病原。在疫情爆發期間,研究人員對一位陽性患者樣本進行核酸檢測以及基因組測序後發現了這一病毒[3][4][5]

中华人民共和国国家卫生健康委员会將此病毒定為法定乙類傳染病,按甲類管理[6]中華民國衛生福利部定為第五類法定傳染病[7]因病毒感染的患者目前没有独特的临床症状,现今无疫苗或特效药对病毒有效,但可以使用已有的抗病毒藥物缓解病情[8][9]

2019年年末因此病毒引起的肺炎疫情爆发,距今扩散范围已包括在亚洲、欧洲、北美洲和大洋洲的二十多个国家,超过三万患者。

命名

2020年1月11日起,中華人民共和國國家衛健委因疫情還在爆發期間,暫稱為新型冠狀病毒,其引发的疾病称为新型冠状病毒感染的肺炎世界衛生組織則命名為Novel coronavirus(即“新型冠狀病毒”),縮寫為2019-nCoV[1][2]由于該病毒首次爆发疫区在武汉,因此也常被称为武漢冠狀病毒Wuhan coronavirus)、中國冠狀病毒China coronavirus)等。[10][11]

由新型冠状病毒导致的病毒性肺炎通常被称为新型冠狀病毒肺炎(Novel Coronavirus–Infected Pneumonia,NCIP)[12],或非正式名称武汉肺炎Wuhan pneumonia[13]。中华人民共和国官方暂称为新型冠状病毒感染的肺炎[14]世卫组织则建议命名为“2019-nCoV急性呼吸疾病”,(2019-nCoV Acute Respiratory Syndrome)[15]另有建议仿照非典命名规则,将这类病症命名为Pneumonia-associated Respiratory Syndrome,简称PARS。[16]

病毒学

图为病毒蛋白酶蛋白结构的三维表示

结构

新型冠状病毒是一种具有包膜的、不分节段的单股正链RNA病毒,颗粒呈圆形或椭圆形,直径约60~140nm,属于网巢病毒目冠状病毒科乙型冠状病毒属英语Betacoronavirus[17][8][18][19]此病毒每组基因组长度约三萬個核苷酸左右,[5][20][21]基因序列显示与中华菊头蝠中发现的冠状病毒相似,例如MERS-CoVSARS-CoV[5]武汉冠状病毒与SARS-CoV同属于冠状病毒谱系β(Betacoronavirus Lineage β, Sarbecovirus[22]

2020年1月27日,中国疾病预防控制中心分离出第一株新型冠状病毒。[23][註 1]在生物体外培养的状况下培养期约需6天。[8][註 2]由中国疾控中心领衔的一项基因研究显示,新型冠状病毒于已有的类SARS病毒变种(序列:bat-SL-CoVZC45, MG772933.1)有86%的相似性。[24]其他研究则进一步对比了其余同属的病毒基因,认为新型冠状病毒和SARS及类SARS病毒变种共享源头为HKU9-1英语Rousettus bat coronavirus HKU9[25][26]基于Nankai CDS编码区的一项初步研究也显示,新型冠状病毒倾向于和SARS同源于中华菊头蝠[27]另一项研究指出,新型冠状病毒和类SARS的CoVZC45及CoVZXC21可以达到89%的序列同一性,后两者的基因都采集自浙江舟山,无除中华菊头蝠外的来源。[28][29]通过观察,13个新型冠状病毒样本中有9种基因分型,集中存在可变翻译。[27]

一项未发表的研究利用了新型冠状病毒WIV04的基因序列与另一类SARS变种RaTG13进行对比,发现两者相似度有96%。作者利用RaTG13和ZC45为对照组,基本确认新型冠状病毒同SARS一样利用自己RBD的S1蛋白与人体ACE2进行结合。[30]在对其他冠状病毒的对比中,新型冠状病毒的RBD被认为介于无法和ACE2受体结合的HKU3-4和自由结合能最强的rSHC014之间,但弱于SARS-CoV。[29]

生理机能

图为新型冠状病毒分离株Wuhan-Hu-1的基因图谱

根据现有认知,病毒具有热敏感性,暴露在紫外线下或处于56℃高温环境下30分钟可达到灭活效果。同时,利用乙醚、75%乙醇、含氯消毒剂、过氧乙酸氯仿等脂溶剂均可有效灭活病毒,氯己定不能有效灭活病毒。[8]对冠状病毒理化特性的认识多来自对SARS-CoV和MERS-CoV的研究。

新型冠状病毒可通过动物为中介传染给人类,且具有人传人的能力。[31]目前流行病学研究認為,包括呼吸道飞沫、皮肤接触或直接接触带有病毒的分泌物进行传播。目前所见传染源主要是新型冠状病毒感染的患者,无症状感染者也可为传染源。[17][8][32]新型冠状病毒被证明尽管和SARS-CoV的基因只有79%的相似度,它可以借由人类的ACE2作为受体结合,通过呼吸道上皮细胞进入肺部进行复制过程,[33][34][35]且主要作用对象也是与SARS相同的T淋巴细胞。[36]然而有研究指出,新型冠状病毒对ACE2受体的作用过程与SARS有一定差异,它的RBD中有关键性氨基酸残基是可变的。[28]

现已知SARS等冠状病毒S蛋白进入靶细胞取决于包括和ACE2受体结合以及细胞蛋白酶对S蛋白的启动作用,SARS的S蛋白与其受体ACE2结合是靠细胞丝氨酸蛋白酶TMPRSS2来引发的,与它有76%氨基酸同一性的新型冠状病毒被怀疑有相似的机能。[37][38][39]在现有认知中,新型冠状病毒与SARS在序列及传播途径的相似无法确切的证实两者之间有相似的生物学特性。一项初步研究对比了包括SARS、MERS以及新型冠状病毒在内的多种同属病毒,发现了在新型冠状病毒RBD中的RBM怀疑负责和ACE2结合的序列与SARS一样,且在其余无法通过ACE2结合的Bat-CoV中未发现同样的序列。研究表示,在实验新型冠状病毒进入Caco-2细胞时,使用针对TMPRSS2的丝氨酸蛋白酶抑制因子卡莫司他后,有效阻止了病毒的入侵;相反的,针对CatB/L的抑制因子E64d在293T细胞上无效果。这一实验结果初步表明新型冠状病毒也是由TMPRSS2引发S蛋白的。[37]

流行病学

目前關於新型冠狀病毒的流行病學認識受疫情變化影響,無完全確切的認知。新型冠状病毒被认为对人群普遍易感。老年人及有基础疾病者感染后病情较重,儿童及婴幼儿也有发病[8]。有研究指出,病毒感染途徑為侵入人體呼吸道上皮細胞。[25]尽管消化道接触也被怀疑有传染可能,这一途径未被证实。[14]現有認知為新型冠狀病毒僅需96個小時左右即可在人呼吸道上皮細胞內被發現,且擁有傳染能力。[8]

疫情開始初期,病毒傳播源被認定為武漢的海鮮市場,但後續有研究根據疫情進展質疑了這一說法,認為武漢海鮮市場並非唯一的暴露源。[40]目前一般认为新型冠状病毒与蝙蝠冠状病毒同源,但病毒传播的中间宿主尚未确认,有研究认为水貂可能扮演中间宿主的角色。[41]另有研究表示,由于现有同一性最高的蝙蝠冠状病毒与新型冠状病毒也无超过90%的序列重合度,因此现今所认知的蝙蝠冠状病毒应当不是新型冠状病毒的直接祖先。[28]

有研究顯示,病毒早在2019年12月即出現人傳人的跡象,[12]后有临床病例研究显示,因染色体和性激素对先天免疫系统的影响,女性相比男性在相同环境下感染人数可能会更少。[36]英國帝國理工學院根據病例的傳播推算,認為至2020年1月12日,武漢城內即有約1723例患者。[42]在目前认知中,新型冠狀病毒相比于SARS病毒所引發的临床症状一般更輕微但傳播性更強,且潛伏期可能極具有傳播力。[43][44]

此前有一份研究構建了武漢冠狀病毒的擴散模型,其中指出疫情爆發時值中國春節時期,在預測受感染病患人數時需要納入因春運而造成的出入境人流增多因素。[45]还有研究指出,在对比2019年12月至2020年1月的12份病毒样本后,认为一代病毒携带者的病毒来源最早可能来自2019年11月9日的同一来源,且因传播性强而使得一代病患人数较多。[46]

在更新的研究中发现,二代、三代病毒携带者的潜伏周期平均更长,且从出现症状至入院的时间经观察比早期的患者更长,研究者认为在患病早期确诊病患并进行隔离治疗会更加困难。[12]研究指出,病毒潜伏期平均为5.2天,且每7.4天感染者就会翻倍。[12]另有研究认为翻倍指数只有6.4,中国的各个主要城市的疫情爆发时间相较于武汉会滞后7-14天。[47]

尽管对初期41例病例的研究指出有15%的致死率,疫情经扩散后现有临床病例显示新型冠状病毒的致死率小于SARS病毒的10%-20%和MERS病毒的35%。[48][29]

基本傳染數

因在疫情期間,對基本傳染數的估計無可統一說法,多方估測的R0指數從1.4-6.4不等,但都認為基本傳染數(R0)> 1。根據這一共識,在流行病學的定義下,新型冠狀病毒疫情初期會以指數增長方式散布,成為流行病[49]

在疫情爆發初期,基本傳染數據先前預計為1.4到2.5之間[50](另有香港中文大學研究認為新型冠狀病毒肺炎基本傳染數為3.30到5.47之間[51])。帝國理工學院根據截至2020年1月24日的數據,統計得出基本傳染數中位數為2.6,95%置信區間為2.1-3.5。[42]根據蘭開斯特大學研究人員Jonathan M Read所領導的研究小組於2020年1月28日發表的預印本認為,此病毒的R0係數為3.11(95%置信度區間(95%CI)為2.39-4.13),在武漢,此傳染系数确定为5.0。[52]而根據西安交通大學Tang Biao領導的研究小組與2020年1月24日所發表的文章認為:R0係數可能高達6.47。[53]哈佛大學流行病學專家丁亮(Eric Ding)根據各方的公開信息,估計傳染指數目前介於2.6與2.9之間[54]

基于至2020年1月22日的所有病例报告,中国疾控中心的研究者认为R0系数应当为2.2,95%置信区间为1.4-3.9。[12]世界卫生组织和香港大学的研究者总结了自2019年底疫情成熟开始的两个个月内的确诊病例数据,将R0系数提升至2.68,95%置信区间则被缩小到2.47-2.86。[47]

與新型冠狀病毒同屬的SARS(即嚴重急性呼吸道綜合徵)的R0係數只有3左右。[55]

临床研究

新型冠状病毒是新出现的冠状病毒变种,因此现今的临床研究是初步性的。基于目前的流行病学调查,潜伏期1-14天,多为3-7天。大多数患者表现以下呼吸道症状为主,常见临床表现包括发热、四肢乏力、干咳等症状,其他表现包含咳痰、头痛、咳血,或腹泻等等。[48]有部分患者仅表现为低热、轻微乏力等,无肺炎表现,[18]还有部分患者无任何临床表现。[31]重症患者多在发病一周后出现呼吸困难和/或低氧血症,值得注意的是重型、危重型患者病程中可为中低热,甚至无明显发热。病毒感染严重者,可快速进展出多种并发症包含急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒、急性心肌损伤和出凝血功能障碍等。[14][48]

预防措施

由於新型冠狀病毒暂無疫苗或特效藥,多機構廣泛認為應重點採取主動預防措施,避免接觸病毒[56]。預防方式包含確實執行手部衛生,且避免在未洗手的狀況下接觸口、鼻、眼等部位。避免前往疫區或與患病者密切接觸,並保持居住環境的清潔衛生[56]。出現病徵者,應確實配戴口罩,並進行妥善隔離[57][58]。Nature上发表的一项实验表明,在无口罩的环境下,喷嚏等飞沫传播方式呈现多阶段性湍流,且多数微小的液滴难以沉降。[59]有建议提出,医疗工作者在对疑似及确诊病例进行诊疗时,应当穿戴护目镜等额外防护措施。[26]

疫苗研發

2020年1月27日,中国疾病预防控制中心宣布启动新型冠状病毒的疫苗研发。[60]美国、加拿大等地的研究者也依据公开的病毒基因信息开始研发疫苗。[61][62]

2020年2月5日,英国科学家称新型冠状病毒疫苗研发取得“重大突破”。[63]

2020年2月5日,英国女科学家Kate Broderick研制出新型冠状病毒疫苗,或初夏前进入人体试验。其研制出的疫苗目前命名为"INO-4800"。[64]

临床特点

确诊标准

對感染新型冠狀病毒的疑似病例進行確診必須採集相關樣本,实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性者可以确诊。在對呼吸道樣本或血液樣本進行病毒基因測序後,若與已知的新型冠狀病毒高度同源,即為確診病例。[8]若無法透過RT-PCR確診,則臨床上疑似病例須結合流行病學接觸史和臨床特点綜合分析。[8]

针对RNA病毒,北京大学清华大学的研究者联合发表了一种新型确认病人感染新型冠状病毒的测序手段SHERRY。这种手段通过基于Tn5转座酶的转录组测序,相比传统的smart-seq2技术有更好的效率,减少了样本的需求量。新型冠状病毒是SHERRY首次在临床上进行应用的对象。[65]

临床分类

新型冠狀病毒感染可依臨床癥狀被分為轻型、普通型、重型,以及危重型。[14]轻型患者临床症状轻微,影像学未见肺炎表现。普通型患者具有發熱、呼吸道等癥狀,影像學可見肺炎表現。重型患者存在:呼吸窘迫 RR≥30 次/分;静息状态下,指氧饱和度≤93%;動脈血氧分壓(PaO2)/吸氧濃度(FiO2)≤300mmHg(1mmHg=0.133kPa);之一的即可认定。[14]危重型患者出现:呼吸衰竭,且需要机械通气;出现休克狀態;合并其他器官功能衰竭需要ICU監護治療;之一的即可认定。[14]

影像学表现

对患者使用胸腔断层扫描检查,可观察到影像学异常。早期患者的肺部会呈现多发小斑片影及间质改变,以肺外带明显。经发展后,肺炎患者被观察到双肺多发毛玻璃状影英语Ground-glass opacity、浸润影。严重者则会进一步发展为次节叶或大叶性肺实变英语Pulmonary consolidation,胸腔积液少见。[14][24]一项放射学研究指出,由于新型冠状病毒和SARS以及MERS病毒的相似性,至少30%的病患出现急性呼吸窘迫综合症是不出意料的。CT结果显示,绝大部分患者具有磨玻璃影以及肺部症状的双发性特征。[66]

实验室检查

對重症患者進行血液檢查後,可發現在发病早期外周血白細胞淋巴細胞減少,部分患者可以出现肝酶、乳酸脱氢酶(LDH)、肌酶和肌红蛋白增高;部分危重者可见肌钙蛋白增高。多数患者的C反應蛋白(CRP)和紅細胞沉降率(ESR)升高,降钙素原正常。严重者D-二聚体升高、外周血淋巴細胞进行性减少[14]IL-2、IL-7、IL-10、GCSF英语GCSF、IP10、MCP1、MIP1A以及TNF-α亦高於正常值[48]。据目前推测,新型冠状病毒与其他冠状病毒相同,会刺激患者的先天免疫系统,致使体内大量释放细胞因子,造成细胞因子风暴和急性炎症反应。这会导致全身血管更为脆弱,引发急性呼吸窘迫症和多器官衰竭[48][67]

治疗方法

各医疗机构的医务人员发现疑似病例后,应当立即进行隔离治疗,邀请本院会诊,仍然考虑为疑似病例的,应根据各自国家或地区的相关法律法规进行传染病报告。对疑似病例、临床诊断病例,要尽快地安全地采集标本进行病原学检测。与本病毒感染者有密切接触的人士同样建议进行病原学检测。[14]

現今對病毒無有效抗病毒治療方式,主要為通過监测和維持患者生命指标等支持治疗[18],并及时给予有效氧疗措施。在对症治疗的基础上,治疗基础疾病,防治并发症,预防继发感染[14]可根据患者呼吸困难程度、胸部影像学进展,酌情短期内(3-5天)使用糖皮質激素,应当注意,较大剂量的糖皮质激素由于免疫抑制作用,会延缓对病毒的清除[14]。并且患者常存在焦虑恐惧情绪,需要进行心理干预治疗。

本病在中医学中属于中医疫病范畴,病因为感受疫戾之气,各地可根据病情、当地气候特点以及不同体质等情况,辨证论治[14]

2020年1月26日,上海藥物研究所的團隊列出30種可能對病毒有效的藥物,其中包括蛋白酶抑制劑因地那韋英语Indinavir沙奎那韋洛匹那韋等抗病毒藥物。[68]

2020年1月31日,中科院上海药物研究所发布消息称,双黄连口服液在体外实验中可以抑制新型冠状病毒,但其疗效还需临床研究进一步证实。[69]

有新的病例报告称,及时利用抗生素预防进一步感染对免疫能力低下的患者有积极作用,加强免疫支持治疗可以有效减少相关并发症及死亡率。报告建议,对重症病人可利用静脉内免疫球蛋白增强抵抗力,并使用类固醇来缩短治疗时间。[36]中华人民共和国国家卫健委在试行第四版的诊疗方案中,提出利用针对免疫性疾病的药物,针对病毒的这一特性缓解病患病情。[8]

一种新型实验性广谱抗病毒药物瑞德西韦[註 3]被认为可以有效抑制呼吸道上皮细胞中SARS和MERS病毒的复制。[70][71]据2020年的一项研究显示,瑞德西韦和干扰素IFNb1-b的联合用药对MERS有显著疗效。[72]尽管这一药物还在针对埃博拉病毒的三期临床试验中,有猜测认为它是现今对新型冠状病毒最理想的药物。[73]美国被确诊的第一例新型冠状病毒患者在进入重症状态后,医师对他使用了瑞德西韦,经观察发现呼吸困难的症状有显著改善,不再需要吸氧治疗。但是药物的研发公司和这一病例的主治医师都表示,这一药物还未被证明其有效性和安全性,需要进一步的临床研究。[74][75]

瑞德西韋

历史疫情

2019年12月1日,中國湖北省武漢金銀潭醫院出現一例不明原因肺炎後[76]。同月陸續以華南海鮮市場為中心(中華人民共和國官方說法),爆發多位群聚感染的病例[77][78][79]。2019年12月30日当地疾控中心已委托中科院武汉病毒所进行检测,结果否定了SARS病毒感染,而确定为一种新型冠状病毒。2020年1月7日,由中國官方成立的專家小組排除流感禽流感腺病毒等病因後,武漢國家生物安全實驗室於1月9日成功分離病原體,並获得该病毒的全基因组序列,確認病原體為一种新型乙型冠状病毒[80]

2020年1月9日,收治於武漢普仁醫院的曾姓患者宣布臨床死亡,為中國官方首度證實出現死亡病例[81]。1月13日,世界衛生組織(WHO)將此次檢出之病毒命名為2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)[2]。後續研究證實新型冠狀病毒具有人際傳播的能力[31]

2020年1月28日,澳大利亞科研團隊首次成功於中國境外複製新型冠狀病毒。[82]

2020年1月31日,世界卫生组织将由新型冠状病毒引发的疫情定为国际关注的公共卫生紧急事件[83]

相关争议

2020年1月30日,一篇有关新型冠状病毒在流行病学上的病例研究发表于新英格兰医学期刊,其中一项发现为德国有可能存在无症状传播者。[84]2月3日,Science期刊刊登了一篇报道质疑了这项内容的准确和可靠性。[85]在报道中指出,德国的公共卫生机构罗伯特·科赫研究所向NEJM致信,指出由于在调查流行病学接触史时,凭依的仅仅是受到疑似无病症患者感染的患者的描述,却未证实病患本人的说辞。经调查显示,这名零号病人属于已经有明显症状,依靠药物抑制后在旅行途中感染他人的。有相关学者评论认为,尽管在研究过程中将未完全确认的患者称为无症状病例是有问题的,但是需要理解研究者可能过于紧张,不可能与所有人进行交谈,且也非刻意粉饰事实。[85]

2020年1月31日,预印本网站BioRxiv上刊登了一篇讨论新型冠状病毒基因构成的论文。论文称,在病毒的S蛋白内发现4组和HIV-1基因相似的序列。作者认为这样的结果在自然中为偶然结果的可能性很小。[86]这篇论文引起针对新型冠状病毒的多种争议,包括人工插入基因序列等观点。哈佛大学的一名教授大卫·刘指出,这篇论文的结论本身就很可疑,缺乏更完善的分析和立论基础。[87]在论文发表后的数小时内,网页评论区内多位相关学者对文中提到的基因序列进行了测试。超过十数条评论解释,利用NCBI的病毒数据库,以及用于进行序列对比的BLAST程序,不但证明多种冠状病毒已存有部分一致的HIV基因,且分析认为当HIV的基因序列占据全数据库的四分之一时,可能性从病毒学角度上而言非常有可能形成论文指出的基因插入。[86]2月2日,论文作者将论文从网站上撤下,但可继续查看全文及相关评论。[88]

參見

引發
相關條目

腳註

  1. ^ 该病毒株编号为“NPRC 2020.00002”
  2. ^ 以Vero E6和Huh-7细胞系培养的状况下
  3. ^ 实验型号为GS-5734

參考文獻

來源

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